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\tikzset{every node/.style={font=\scriptsize}}

%Graphics and Videos
% https://tex.stackexchange.com/questions/89088/how-to-embed-video-and-animation-in-latex-and-latex-beamer-step-by-step
\usepackage{graphicx} %The mode "LaTeX => PDF" allows the following formats: .jpg  .png  .pdf  .mps

\usepackage{animate}


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\setbeamertemplate{itemize items}[circle]

\newcommand\blfootnote[1]{%
  \begingroup
  \renewcommand\thefootnote{}\footnote{{\tiny #1}}%
  \addtocounter{footnote}{-1}%
  \endgroup
}


%Page de titre:
\title[Identification des translocations par NGS capture]
{Identification des translocations par NGS capture}


\author{Dr. Thomas Steimlé }
\institute[OH]{Laboratoire d'oncohématologie de l'hôpital Necker}
\date{Février 2021}

\logo{\includegraphics[width=3cm]{Images/APHP.jpg}\hspace*{6cm}~%
  \includegraphics[width=3cm]{Images/necker.jpg}
}

\begin{document}

\frame{\titlepage}
\logo{}

\begin{frame}
	\frametitle{Sommaire}
  \setcounter{tocdepth}{1}
	\tableofcontents
\end{frame}

\section{Introduction}

\begin{frame}
\frametitle{Introduction}
\begin{itemize}
  \item \textbf{Rationnel} : les fragments d'ADN capturés peuvent contenir des points de cassures si ils sont à une distance proche des cibles. La séquence de ces fragments étant chimérique, l'alignement sur le génome de référence ne permet pas d'observer les translocations.
  \item \textbf{Objectifs} : détecter les reads chimériques et identifier leurs compositions.
  \item \textbf{Hypothèse} : il existe des translocations impliquant des partenaires inconnus.
\end{itemize}
\end{frame}

\section{LAL-T}

\begin{frame}
  \frametitle{Translocations réciproques équilibrées impliquant \textit{TRD-A}}
  Les translocations impliquants le locus \textit{TRD-A} sont observées dans \alert{$\approx$ 20 \% des LAL-T}. Avec pour partenaires principaux:
  \begin{itemize}
    \item \textit{TLX1} t(10;14)(q24;q11) EFS allongé
    \item \textit{TAL1} t(1;14)(p33;q11) 
    \item \textit{LMO1} 
    \item \textit{LMO2} t(11;14)(p13;q11)
  \end{itemize}
    \begin{center}  
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=1\textwidth]{Images/translocation_10_14.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
  \blfootnote{Bergeron J, et al. Blood. 2007 Oct 1;110(7):2324-30.2007 Jul 3. PMID: 17609427.}
  \blfootnote{Dik WA, et al. Blood. 2007 Jul 1;110(1):388-92. PMID: 17360939.}
\end{frame}

\section{Méthode}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: confection de la bibliothèque}
  1) \alert{Fragmentation} mécanique des chromosomes tumoraux en fragements allant de 200 à 900 pb.
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[height=.75\textheight]{Images/fragmentation.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: confection de la bibliothèque}
  2) \alert{Sélection} des fragments d'intérêt par sondes magnétiques (rouge) içi les sondes ont été choisies pour être complémentaires des locus \textit{TRDV} \textit{TRDD}.
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/selection.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: analyse}
  3) \alert{Séquençage} (paired-end 2x 150) des fragments puis \alert{alignement} (bwa mem) des reads sur le génome de référence (hg19).
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/alignement.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: analyse}
  4) \alert{Détection} des positions ou les reads anormaux sont nombreux (SVXplorer), ces reads anormaux sont ensuites isolés (awk).\\
  5) \alert{Assemblage} entre eux des reads anormaux (spades) pour obtebir une \alert{séquence consensus} qui est alignée sur le génome de référence afin d'identifier les partenaires et le point de cassure (bwa mem).
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/assemblage.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\end{document}