Presentation_Translocations_Capture/presentation.tex

\documentclass[aspectratio=1610]{beamer}

\usepackage{makecell}
\usepackage{etoolbox}
\usepackage{biblatex}
\usepackage{tikz}
\usepackage{bbding}
\usepackage{layouts}
\usepackage{booktabs} % To thicken table lines
%\usepackage[sfdefault]{FiraSans}
\usetheme{metropolis}           % Use metropolis theme
\usetikzlibrary{positioning,shapes,arrows,calc,fit,backgrounds,shapes.multipart}

\tikzset{box/.style={draw, rectangle, rounded corners, thick, node distance=7em, text width=6em, text centered, minimum height=3.5em}}
\tikzset{line/.style={draw, thick, -latex'}}
\tikzset{every node/.style={font=\scriptsize}}

%Graphics and Videos
% https://tex.stackexchange.com/questions/89088/how-to-embed-video-and-animation-in-latex-and-latex-beamer-step-by-step
\usepackage{graphicx} %The mode "LaTeX => PDF" allows the following formats: .jpg  .png  .pdf  .mps

\usepackage{animate}


\usepackage[utf8]{inputenc}
%\usetheme{Antibes}
\usefonttheme{professionalfonts}

\setbeamertemplate{itemize items}[circle]

%\bibliography{presentation}

\newcommand\blfootnote[1]{%
  \begingroup
  \renewcommand\thefootnote{}\footnote{{\tiny #1}}%
  \addtocounter{footnote}{-1}%
  \endgroup
}


%Page de titre:
\title[Identification de translocations par NGS capture]
{Identification de translocations par NGS capture}


\author{Dr. Thomas Steimlé}
\institute[OH]{
  Laboratoire d'oncohématologie de l'hôpital Necker\\
  \vfill
  \begin{figure}[!b]
    \centering
    \includegraphics[height=1cm]{Images/1200aphp.pdf}\hspace*{5.5cm}~
    \includegraphics[height=1.5cm]{Images/necker.pdf}
  \end{figure}
}
\date{Février 2021}


%\titlegraphic{\hfill\includegraphics[height=1.5cm]{Images/1200aphp.svg.png}}
%\logo{\includegraphics[width=3cm]{Images/1200aphp.svg.png}}
\begin{document}

\begin{frame}
\maketitle
\thispagestyle{empty}




\end{frame}
%\frame{\titlepage}
%\logo{}

\begin{frame}
	\frametitle{Sommaire}
  \setcounter{tocdepth}{1}
	\tableofcontents
\end{frame}

\section{Introduction}

\begin{frame}
\frametitle{Introduction}
\begin{itemize}
  \item \textbf{Rationnel} : les fragments d'ADN capturés peuvent contenir des points de cassures si ils sont à une distance proche des sondes. La séquence de ces fragments étant chimérique, l'alignement sur le génome de référence ne permet pas d'observer les translocations.
  \item \textbf{Objectifs} : détecter les reads chimériques et identifier les partenaires qui les composent.
  \item \textbf{Hypothèse} : il existe des translocations impliquant des partenaires inconnus.
  \item \textbf{Hypothèse alternative} : il existe des insertions de TREC.
\end{itemize}
\end{frame}

\section{LAL-T}

\begin{frame}
  \frametitle{Translocations réciproques équilibrées impliquant \textit{TRD-A}}
  Les translocations impliquants le locus \textit{TRD-A} sont observées dans \alert{$\approx$ 20 \% des LAL-T}. Avec pour partenaires principaux:
  \begin{itemize}
    \item \textit{TLX1} t(10;14)(q24;q11) EFS allongé
    \item \textit{TAL1} t(1;14)(p33;q11)
    \item \textit{LMO1} t(11;14)(p15;q11) 
    \item \textit{LMO2} t(11;14)(p13;q11)
  \end{itemize}
    \begin{center}  
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/translocation_10_14.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
  
  \blfootnote{Bergeron J, et al. Blood. 2007 Oct 1;110(7):2324-30.2007 Jul 3. PMID: 17609427.}
  \blfootnote{Dik WA, et al. Blood. 2007 Jul 1;110(1):388-92. PMID: 17360939.}
\end{frame}



\section{Méthode}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: confection de la bibliothèque}
  1) \alert{Fragmentation} mécanique des chromosomes tumoraux en fragements allant de 200 à 900 pb.
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/fragmentation.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: confection de la bibliothèque}
  2) \alert{Sélection} des fragments d'intérêt par sondes magnétiques (rouge) içi les sondes ont été choisies pour être complémentaires des locus \textit{TRDV} \textit{TRDD}.
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/selection.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: analyse}
  3) \alert{Séquençage} (paired-end 2x 150) des fragments puis \alert{alignement} (bwa mem) des reads (R1/R2) sur le génome de référence (hg19).
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/alignement.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: analyse}
  4) \alert{Détection} des positions ou les reads anormaux sont nombreux (SVXplorer), ces reads anormaux sont ensuites isolés (awk).\\
  5) \alert{Assemblage} entre eux des reads anormaux (spades) pour obtenir une \alert{séquence consensus} qui est alignée sur le génome de référence afin d'identifier les partenaires et le point de cassure (bwa mem).
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/assemblage.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\section{Résultats préliminaires}
\begin{frame}
  \frametitle{Comparaison avec la FISH \textit{TRD}}
  \begin{itemize}
    \item N = 265
  \end{itemize}
  \begin{center}
    \begin{tabular}{|l|c|c|}\hline
      \diaghead{\theadfont Diag ColumnmnHead II}{NGS}{FISH}&
      \thead{+}&\thead{-}\\
      \hline
      + & 41 & 4 \\
      \hline
      - & 4 & 216 \\
      \hline
    \end{tabular}
  \end{center}
  \begin{itemize}
    \item Sensibilité = 91 $\%$
    \item Spécificité = 98 $\%$
  \end{itemize}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[height=\textheight]{Images/TRD_all.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}


\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire TLX1}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/gviz_stacked/TRD-TLX1.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire LMO2}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/gviz_stacked/TRD-LMO2.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire TAL1}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/gviz_stacked/TRD-TAL1.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire ZFP36L2}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/gviz_stacked/TRD-ZFP36L2.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}


\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire ZFP36L2}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
      \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/RAG_ZFP36L2.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}


\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire ZFP36L2}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
      \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/RAG_ZFP36L2_mech.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Alignement sur le neo-chromosome pTer-ZFP36L2-TREC-ZFP36L2-centro}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
      \includegraphics[height=\textheight-22pt]{Images/RAG_ZFP_TREC_ZFP.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Recombination signal sequences}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
      \includegraphics[width=\textwidth]{Images/RSS.pdf}
    \end{figure}
    \begin{itemize}
      \item Très probable ré-insertion d'une boucle d'excision du \textit{TRD} (D2-D3).
      \item Cependant il semble que des translocations homozygotes doivent être éliminées (long-reads).
    \end{itemize}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Caracteristiques des cas}
  \begin{table}
    \begin{tabular}[tl]{lccccr}
      \toprule
      Nom & Clonotypage NGS & NOTCH1/FBXW7 & ETP & HOXA & Comm \\
      \midrule
      RAGOT & 2 x $\delta$D2-$\delta$D3 & 1 & 0 & 1 & \\
      TAHIR	& $\delta$D2-$\delta$D3 // GL	& 1	& 1	& 1 & \\
      NEREE	& NA	& 1	& “immature”	& 0 & \\
      2080178	& $\delta$D2-$\delta$J1 // $\delta$V1-$\delta$J2	& 0	& 0	& 0 & \\
      HAOUZI	& $\delta$D2-$\delta$J1 // $\delta$V1-$\delta$J2	& 1	& 0	& 0	& e1a2 \\
      JANOWSKA	& NA	& 1	& NA	& 0 & \\
      \bottomrule
    \end{tabular}
  \end{table}
  $\Rightarrow$ Clonotypes compatibles et prédominance de mutations sur la voie \textit{NOTCH1}
\end{frame}


\begin{frame}
  \frametitle{ZFP36L2}
  \begin{itemize}
    \item Molécule se liant à certains ARNm (RBP) en 3' UTR.
    \item Régule l'expression en favorisant la dégradation de certains ARNm.
    \item dKO murin $\rightarrow$ LAL-T
  \end{itemize}
  \blfootnote{Hodson DJ, Janas ML, Galloway A, et al. Deletion of the RNA-binding proteins ZFP36L1 and ZFP36L2 leads to perturbed thymic development and T lymphoblastic leukemia. Nat Immunol. 2010;11(8):717-724}
\end{frame}

\end{document}

\begin{frame}
  \frametitle{Introduction}
  \begin{figure}
    \centering
    \printinunitsof{in}\prntlen{\textwidth} % 5.5129
    \printinunitsof{in}\prntlen{\textheight} % 3.55142
    % ggsave(".pdf", height = unit(3.55142,"in"), width = unit(5.5129,"in"))
  \end{figure}
\end{frame}