first commit

Codes/lancet.txt

@@ -0,0 +1,6 @@
+lancet --ref hg19.fa
+    --tumor  {TUMOR.BAM}
+    --normal {NORMAL.BAM}
+    --bed {AGILENT_REGIONS_V7.BED}
+    --num-threads 31 
+    > {OUTPUT.VCF}

README.md

@@ -0,0 +1,3 @@
+# Présentation boilerplate
+
+Présentation Latex Beamer

presentation.tex

@@ -0,0 +1,537 @@
+\documentclass[t, aspectratio=169, 10pt]{beamer}
+\usepackage{makecell}
+\usepackage{etoolbox}
+\usepackage{biblatex}
+\usepackage{tikz} % for graph
+\usepackage{bbding}
+\usepackage{layouts}
+\usepackage{layout}
+\usepackage{hyperref} % hyper text
+\usepackage{booktabs} % To thicken table lines
+\usepackage[normalem]{ulem} % for striking words
+% \usepackage[french]{babel} % for date format
+\usepackage{pifont} % for old shool symbols !
+
+%margins
+\newenvironment{changemargin}[2]{%
+\begin{list}{}{%
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+\setlength{\rightmargin}{#2}%
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+\setlength{\itemindent}{\parindent}%
+\setlength{\parsep}{\parskip}%
+}%
+\item[]}{\end{list}}
+
+% code formating
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+
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+
+\lstdefinestyle{mystyle}{
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+
+% ADD '-pdflua' as argument of latexmk
+% Ref https://mirror.ibcp.fr/pub/CTAN/macros/luatex/latex/emoji/emoji-doc.pdf
+\usepackage{emoji}
+% For linux :https://github.com/samuelngs/apple-emoji-linux
+\setemojifont{Apple Color Emoji}
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+\usepackage[sfdefault]{FiraSans}
+\usetheme{metropolis}           % Use metropolis theme
+\usetikzlibrary{positioning,shapes,arrows,calc,fit,backgrounds,shapes.multipart}
+
+
+\tikzset{box/.style={draw, rectangle, rounded corners, thick, node distance=7em, text width=6em, text centered, minimum height=3.5em}}
+\tikzset{line/.style={draw, thick, -latex'}}
+\tikzset{every node/.style={font=\scriptsize}}
+
+% Graphics and Videos
+% https://tex.stackexchange.com/questions/89088/how-to-embed-video-and-animation-in-latex-and-latex-beamer-step-by-step
+\usepackage{graphicx} %The mode "LaTeX => PDF" allows the following formats: .jpg  .png  .pdf  .mps
+\usepackage{animate}
+
+
+%\usepackage[utf8]{inputenc}
+%\usetheme{Antibes}
+\usefonttheme{professionalfonts}
+
+\setbeamertemplate{itemize items}[circle]
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+%\bibliography{presentation}
+
+\newcommand\blfootnote[1]{
+  \begingroup
+    \renewcommand\thefootnote{}\footnote{{\tiny #1}}%
+    \addtocounter{footnote}{-1}
+  \endgroup
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+
+\newcommand\extrafootertext[1]{%
+    \bgroup
+    \renewcommand\thefootnote{\fnsymbol{footnote}}%
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+    \footnotetext[0]{#1}%
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+}
+%Page de titre:
+\title[]{\emoji{dna} Title}
+
+\author{Dr. Thomas Steimlé}
+
+\institute[AMU-TAGC]{
+  \vfill
+  \begin{figure}[!b]
+    \vspace{2cm}
+    \centering
+    \includegraphics[height=1.5cm]{Images/amu.png}
+    \hspace*{5cm}
+    \includegraphics[height=1.5cm]{Images/logo_tagc.png}
+  \end{figure}
+}
+
+\institute[APHP-Necker]{
+  \vfill
+  \begin{figure}[!b]
+      \vspace{2cm}
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+    \hfill
+    \includegraphics[height=1.5cm]{Images/necker.pdf}
+  \end{figure}
+}
+
+\date{\today}
+
+\begin{document}
+
+\begin{frame}
+  \maketitle
+  \thispagestyle{empty}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}
+  \begin{figure}
+    \includegraphics[width=.8\textwidth]{Images/article.png}
+  \end{figure}
+  \blfootnote{April 25, 2023}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{Introduction: capture de la conformation chromosomique (3C)}
+  \begin{columns} 
+    % Column 1
+    \begin{column}{.5\textwidth}
+      \begin{itemize}
+        \item Technologie développée en 2002 pour permettre de révéler les interactions entre les chromosomes au sein du noyau.
+        \item \alert{Fixation} \rightarrow \alert{Digestion} \rightarrow \alert{Ligation}
+        \item \alert{qPCR} multiplex avec amorces spécifique de position \rightarrow \alert{matrice}
+      \end{itemize}
+    \end{column}
+    % Column 2
+    \begin{column}{.5\textwidth}
+      \begin{center}
+        \includegraphics[height=.33\textheight]{Images/3C_schema.png}
+        \includegraphics[height=.15\textheight]{Images/3C_primers_pos.png}
+        \includegraphics[height=.33\textheight]{Images/3C_matrix.png}
+      \end{center}
+    \end{column}
+  \end{columns}
+  \vfill
+  \footnotetext[1]{\tiny{Dekker, Job et al. “Capturing chromosome conformation.” Science (New York, N.Y.) vol. 295,5558 (2002): 1306-11. doi:10.1126/science.1067799}}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}
+  \vspace*{.5cm}
+  \begin{columns} 
+    % Column 1
+    \begin{column}{.30\textwidth}
+      \begin{center}
+        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/Ctcf_hoxa_tad.png}
+      \end{center}
+    \end{column}
+    % Column 2
+    \begin{column}{.33\textwidth}
+      \begin{center}
+        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/Chrom_HIC_boucles.png}
+      \end{center}
+    \end{column}
+    % Column 3
+    \begin{column}{.36\textwidth}
+      \begin{center}
+        \includegraphics[width=.9\textwidth]{Images/Boucle_ctcf.png}
+      \end{center}
+    \end{column}
+  \end{columns}
+  \vspace*{.5cm}  
+  \blfootnote{
+  \begin{itemize}
+    \item[-] Dixon Jesse R et al. “Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions.” Nature vol. 485,7398 376-80. 11 Apr. 2012, doi:10.1038/nature11082
+    \item[-] Rao, Suhas S P et al. “A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping.” Cell vol. 159,7 (2014): 1665-80. doi:10.1016/j.cell.2014.11.021
+    \item[-] Sanborn, Adrian L et al. “Chromatin extrusion explains key features of loop and domain formation in wild-type and engineered genomes.” Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America vol. 112,47 (2015): E6456-65. doi:10.1073/pnas.1518552112
+  \end{itemize}
+  }
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{CTCF et oncogenèse}
+  L'haplo-insuffisance constitutionnelle du CTCF est impliquée dans l'oncogenèse murine (perte  de fonction, suppresseur de tumeur).
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=\textwidth]{Images/onco_ctcf.png}
+  \end{center}
+
+  \blfootnote{
+    Kemp, Christopher J et al. “CTCF haploinsufficiency destabilizes DNA methylation and predisposes to cancer.” Cell reports vol. 7,4 (2014): 1020-9. doi:10.1016/j.celrep.2014.04.004
+  }
+
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{CTCF et oncogenèse}
+  \ding{43}
+  Dans TCGA des mutations de tous types (SNV, SNP, SV, indels etc...). Notamment dans 57\% des cancers du sein.
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=\textwidth]{Images/ctcf_TCGA.png}
+  \end{center}
+
+  \blfootnote{
+    Debaugny, Roxanne E, and Jane A Skok. “CTCF and CTCFL in cancer.” Current opinion in genetics \& development vol. 61 (2020): 44-52. doi:10.1016/j.gde.2020.02.021  
+  }
+
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{chart-increasing} Dans les LALT}
+  \begin{columns} 
+    % Column 1
+    \begin{column}{.3\textwidth}
+      \begin{center}
+        \includegraphics[height=.75\textheight]{Images/lalt_ctcf.png}
+      \end{center}
+    \end{column}
+    % Column 2
+    \begin{column}{.7\textwidth}
+      \vspace{2cm}
+      \begin{itemize}
+        \item[{\large \ding{43}}] Mutations tronquantes somatiques récurrentes dans les LALT (\approx{ } 5\%).
+      \end{itemize}
+    \end{column}
+  \end{columns}
+  \vfill
+  \blfootnote{Liu, Yu et al. “The genomic landscape of pediatric and young adult T-lineage acute lymphoblastic leukemia.” Nature genetics vol. 49,8 (2017): 1211-1218. doi:10.1038/ng.3909}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{test-tube} Matériel}
+  \ding{43}
+  \begin{itemize}
+    \item 181 LAL-T pédiatriques 
+    \item CGH-array / MLPA CTCF / ChIP CTCF / Methylation-array / Expression-array 
+  \end{itemize}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
+  
+  \begin{itemize}
+    \item[{\large \ding{43}}] En \alert{CGH}: la zone minimale observées des délétions 16q inclus les exons 1 à 4 de \textit{CTCF}.
+    \item[{\large \ding{43}}] En \alert{MLPA}: 9\% (n = 18) des cas présentent une délétion hétérozygote de \textit{CTCF}.
+  \end{itemize}
+  
+  \vspace{1.5cm}
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=\textwidth]{Images/mda.png}
+  \end{center}
+
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
+
+  \begin{itemize}
+    \item[{\large \ding{43}}] En \textit{single molecule molecular inversion probe} \alert{smMIP}: 6 \% de mutations supplémentaires (n = 11, hétérozygotes = VAF [34-50] \%).
+    \item[{\large \ding{43}}] \alert{Absence de mutation homozygote} (pas de cas DEL + mutations).
+  \end{itemize}
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=.55\textwidth]{Images/smMIP.png}
+  \end{center}
+  
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
+
+  \begin{itemize}
+    \item[{\large \ding{43}}] Les délétions du \textit{CTCF} sont associées à sa plus faible expression (exclusion des délétions minimales).
+    \item[{\large \ding{43}}] Les mutations sont associées dans cette cohorte rétrospective aux réarrangements de \textit{TLX3} (53 \%).
+  \end{itemize}
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=.85\textwidth]{Images/tlx3_prop.png}
+  \end{center}
+  
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
+
+  \begin{itemize}
+    \item[{\large \ding{43}}] Affymetrix \alert{expression array} (cluster TLX selon Homminga 2011 n = 25, içi 9 alt vs 11 wt): pas de gène DE.
+    \item[{\large \ding{43}}] Affymetrix \alert{methylation array} (853,307 sondes, 4 vs 3): différentiel sur un unique site.
+  \end{itemize}
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=.6\textwidth]{Images/de_ctcf_meth.png}
+  \end{center}
+
+  \blfootnote{Homminga, Irene et al. “Integrated transcript and genome analyses reveal NKX2-1 and MEF2C as potential oncogenes in T cell acute lymphoblastic leukemia.” Cancer cell vol. 19,4 (2011): 484-97. doi:10.1016/j.ccr.2011.02.008}
+  
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
+
+  \begin{itemize}
+    \item[{\large \ding{43}}] \alert{ChIP \textit{CTCF}} (4 alt TLX3\_r vs 4 wt, 2 TLX3\_r + TLX1\_r + NKX2-1\_r): différentiel de seulement 41 pics.
+    \item[{\large \ding{43}}] L'article nous fait remarquer que 12\% de ces pics appartiennent au \alert{locus \textit{TRAD}}, TRA\_r dans deux contrôles. Résultat que l'auteur trouve cohérent avec la littérature ayant établi un rôle du \textit{CTCF} dans le rearrangement du \textit{TRAD}.
+  \end{itemize}
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=.95\textwidth]{Images/chip_ctcf.png}
+  \end{center}
+
+  \blfootnote{Chaumeil, Julie, and Jane A Skok. “The role of CTCF in regulating V(D)J recombination.” Current opinion in immunology vol. 24,2 (2012): 153-9. doi:10.1016/j.coi.2012.01.003}
+  
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
+
+  \begin{itemize}
+    \item[{\large \ding{43}}] \alert{HiC} (4 alt TLX3\_r vs 2 wt TLX3\_r): pas de différences de domaines d'association.
+    \item[{\large \ding{43}}] \alert{Pas de différence d'expression, de méthylation, de liaison du \textit{CTCF} à la chromatine ou la formation de TAD en cas d'haplo-insuffisance \textit{CTCF}.}
+  \end{itemize}
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=.8\textwidth]{Images/hic.png}
+  \end{center}
+  
+\end{frame} 
+
+
+\begin{frame}{\emoji{scissors} Résultats --- Expérimentation}
+
+  \begin{columns} 
+    % Column 1
+    \begin{column}{.3\textwidth}
+      \begin{itemize}
+        \item[-] Souris Lck-Cre \textit{CTCF}
+        \vspace{3.6cm}
+        \item[{\large \ding{43}}] L'haplo-insuffisance \alert{augmente le nombre absolu de LT \gamma\delta.}
+      \end{itemize}
+    \end{column}
+    % Column 2
+    \begin{column}{.7\textwidth}
+      \begin{center}
+        \includegraphics[width=.85\textwidth]{Images/pdx_tcells.png}
+      \end{center}
+    \end{column}
+  \end{columns}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
+
+  \begin{itemize}
+    \item[{\large \ding{43}}] Séquençage des translocations: sur 31 patients TLX3\_r le partenaire est \textit{BCL11B}.
+    \item[{\large \ding{43}}] \alert{La majorité des BP positionnent le promoteur \textit{BCL11B} MP de en amont de \textit{TLX3}.}
+    \item[{\large \ding{43}}] \alert{en 171.70 préservation d'un site CTCF pouvant jouer un rôle d'isolateur.}
+  \end{itemize}
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=.7\textwidth]{Images/tlx3_bcl11b.png}
+  \end{center}
+  
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
+
+  \underline{Hypothèse}: \alert{Le site CTCF compris entre \textit{BCL11B}-enh et \textit{TLX3} inhibe l'action de l'enhanceur} en cas d'haplo-insuffisance du CTCF $\implies$ levée de cette inhibition.   
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=.75\textwidth]{Images/txl3enhc_bcl11b.png}
+  \end{center}
+  
+  \begin{itemize}
+    \item[{\large \ding{43}}] Dans les cas mutés \textit{CTCF} la distance entre \textit{BCL11B}-enh et \textit{TLX3} est plus grande.
+    \item[{\large \ding{43}}] Augmentation de l'expression de \textit{TLX3} relativement à \textit{BCL11B}.
+    \item[{\large \ding{43}}] Augmentation de la quantité de lymphocytes au diagnostic.
+  \end{itemize}
+  
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
+
+  \begin{columns} 
+    % Column 1
+    \begin{column}{.3\textwidth}
+      \begin{itemize}
+        \item[-] 4C-seq (n = 9, TLX3\_r, 7 \textit{CTCF} alt, 2 WT).
+        \item[-] Intensité du signal proportionnelle aux interactions avec le promoteur de \textit{BCL11B}. Allèle non réarrangé.
+        \item[{\large \ding{43}}] Pas de différence WT vs \textit{CTCF} alt.
+      \end{itemize}
+    \end{column}
+    % Column 2
+    \begin{column}{.7\textwidth}
+      \begin{center}
+        \includegraphics[width=.85\textwidth]{Images/4c_base.png}
+      \end{center}
+    \end{column}
+  \end{columns}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
+
+  \begin{columns} 
+    % Column 1
+    \begin{column}{.3\textwidth}
+      \begin{itemize}
+        \item[-] Intensité du signal proportionnelle aux interactions avec le promoteur de \textit{TLX3}. Allèle réarrangé.
+        \item[{\large \ding{43}}] Pas de différence WT vs \textit{CTCF} alt, formation de boucle en cas d'altération du \textit{CTCF}. \alert{Hypothèse précédente infirmée}.
+      \end{itemize}
+    \end{column}
+    % Column 2
+    \begin{column}{.7\textwidth}
+      \begin{center}
+        \includegraphics[width=.85\textwidth]{Images/4c_cl.png}
+      \end{center}
+    \end{column}
+  \end{columns}
+  \begin{itemize}
+    \item[{\large \ding{43}}] \underline{Nouvelle hypothèse}: \alert{compétition d'interactions} entre promoteur de \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ enhanceur de \textit{BCL11B} et promoteur de \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ site CTCF.
+  \end{itemize}
+\end{frame}
+
+
+\begin{frame}{\emoji{scissors} Résultats --- Expérimentation}
+  \begin{itemize}
+    \item[-] Lignée HBP-ALL qui présente une translocation \textit{BCL11B}-\textit{TLX3} préservant le site CTCF et ayant une haplo-insuffisance CTCF.
+    \item[-] Transduction d'un \textit{CTCF} tagué d'expression inductible par doxycycline ainsi que d'un \textit{TLX3} d’expression constitutionnelle également tagué.
+    \item[-] Dérive les clones  G4 et E3 ayant des expressions inductibles de \textit{CTCF} de niveau modéré et élevé .
+  \end{itemize}
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=.66\textwidth]{Images/HBPALL_a.png}
+  \end{center}
+  
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{scissors} Résultats --- Expérimentation}
+  \begin{columns} 
+    % Column 1
+    \begin{column}{.65\textwidth}
+      \begin{center}
+        \includegraphics[width=.75\textwidth]{Images/HBPALL_diff.png}
+      \end{center}
+    \end{column}
+    % Column 2
+    \begin{column}{.4\textwidth}
+      \begin{itemize}
+        \item[-] Intensité des interactions entre promoteur de \textit{TLX3} et autres positions.
+        \item[{\large \ding{43}}] En présence de \textit{CTCF} augmentation des interactions promoteur de \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ site CTCF (rouge) et diminution des interactions avec l'enhanceur.
+      \end{itemize}
+    \end{column}
+  \end{columns}
+\end{frame}
+
+% Inverted with box
+{\setbeamercolor{background canvas}{bg=bgturq}
+\begin{frame}[c]
+  \metroset{block=fill}
+  \vspace{1cm}
+  \begin{alertblock}{\centering \emoji{warning} Mise en avant \emoji{warning}}
+    \begin{itemize}
+      \item Blabla.
+      \item Blabla.
+      \item[\textbf{$\Rightarrow$}] Blabla
+    \end{itemize}
+  \end{alertblock}
+\end{frame}
+}
+
+% Image annotation
+\begin{frame}{\emoji{horizontal-traffic-light} Image annotation}
+  \begin{itemize}
+    \item Image annotation
+  \end{itemize}
+  \begin{tikzpicture}
+    
+    \node[above right, inner sep=0] (image) at (0,0) {
+        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/fdt_hm.png}
+    };
+
+    \begin{scope}[
+      x={($0.1*(image.south east)$)},
+      y={($0.1*(image.north west)$)}]
+        \draw[lightgray,step=1] (image.south west) grid (image.north east);
+        \foreach \x in {0,1,...,10} { \node [below] at (\x,0) {\x}; }
+        \foreach \y in {0,1,...,10} { \node [left] at (0,\y) {\y};}
+        \node[circle,text=white,fill=bgturq,opacity=.8,text opacity=1] at (1, 5.5){\small \textit{TLX1}};
+        \node[circle,text=white,fill=bgturq,opacity=.8,text opacity=1] at (2.55, 2.8){\small \textit{TLX3}};
+    \end{scope}
+
+  \end{tikzpicture}
+\end{frame}
+
+% Standout
+\begin{frame}[standout]
+  Questions ?
+\end{frame}
+
+\begin{frame}
+  \frametitle{\emoji{floppy-disk} Code formatting}
+  Source code : \url{https://github.com/nygenome/lancet}
+  \vskip 0.2in
+  \lstinputlisting[language=bash, caption={lancet -- bash version}, style=mystyle]{Codes/lancet.txt}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}
+  \layout
+\end{frame}
+
+% QR code
+% qrencode -o Images/qr_code.png $HTTP_LINK
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