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src/lib.rs

@@ -414,6 +414,7 @@ impl Sam {
             let len = ref_range.len(); 
             ref_range.start = ref_pos as usize;
             ref_range.end = (ref_pos as usize + len) - 1;
+            query_range.end = query_range.end - 1;
         }
 
         let ref_sequence = fa.get_sequence(&ref_name, ref_range.start.clone(), ref_range.end.clone());