Переглянути джерело

begining of hgvs todo add insertion and cytobands

Thomas 2 роки тому
батько
коміт
01b144c127
1 змінених файлів з 8 додано та 4 видалено
  1. 8 4
      src/lib.rs

+ 8 - 4
src/lib.rs

@@ -77,11 +77,15 @@ impl ContigRef {
             ContigRef::Chimeric((a, b)) => {
                 if a.target_name == b.target_name {
                     let chr = a.target_name.clone().unwrap_or("UNKNOWN".to_string());
-                    let end = a.target_end;
-                    let start = b.target_start;
-                    Some(format!("{chr}:{end}_{start}"))
+                    let del_start = a.target_end;
+                    let del_end = b.target_start;
+                    Some(format!("{chr}:{del_start}_{del_end}"))
                 } else {
-                    None
+                    let a_chr = a.target_name.clone().unwrap_or("UNKNOWN".to_string());
+                    let a_bp = a.target_end;
+                    let b_chr = b.target_name.clone().unwrap_or("UNKNOWN".to_string());
+                    let b_bp = b.target_end;
+                    Some(format!("{a_chr}:{a_bp}delins[{b_chr}:{b_bp}]"))
                 }
             }
             ContigRef::ChimericMultiple(_) => None,