changes

src/lib.rs

@@ -476,36 +476,37 @@ pub fn create_bam(ref_path: &str, reads_path: &str, bam_path: &str) -> Result<()
         ))
         .arg(ref_path)
         .arg(reads_path)
-        .stdout(Stdio::from(output_file))
+        .stdout(Stdio::piped())
+        // .stdout(Stdio::from(output_file))
         .spawn()
         .expect("Minimap2 failed to start");
-    mm2.wait().unwrap();
-
-    // let view = Command::new("sambamba")
-    //     .arg("view")
-    //     .arg("-h")
-    //     .arg("-S")
-    //     .arg("-t")
-    //     .arg("20")
-    //     .arg("--format=bam")
-    //     .arg("/dev/stdin")
-    //     .stdin(Stdio::from(mm2.stdout.unwrap()))
-    //     .stdout(Stdio::piped())
-    //     .spawn()
-    //     .expect("Sambamba view failed to start");
-    //
-    // let mut sort = Command::new("sambamba")
-    //     .arg("sort")
-    //     .arg("-t")
-    //     .arg("20")
-    //     .arg("/dev/stdin")
-    //     .arg("-o")
-    //     .arg(bam_path)
-    //     .stdin(Stdio::from(view.stdout.unwrap()))
-    //     .spawn()
-    //     .expect("Sambamba sort failed to start");
-    //
-    // sort.wait().unwrap();
+    // mm2.wait().unwrap();
+
+    let view = Command::new("sambamba")
+        .arg("view")
+        .arg("-h")
+        .arg("-S")
+        .arg("-t")
+        .arg("20")
+        .arg("--format=bam")
+        .arg("/dev/stdin")
+        .stdin(Stdio::from(mm2.stdout.unwrap()))
+        .stdout(Stdio::piped())
+        .spawn()
+        .expect("Sambamba view failed to start");
+
+    let mut sort = Command::new("sambamba")
+        .arg("sort")
+        .arg("-t")
+        .arg("20")
+        .arg("/dev/stdin")
+        .arg("-o")
+        .arg(bam_path)
+        .stdin(Stdio::from(view.stdout.unwrap()))
+        .spawn()
+        .expect("Sambamba sort failed to start");
+
+    sort.wait().unwrap();
     Ok(())
 }