up

src/lib.rs

@@ -98,6 +98,7 @@ impl ContigRef {
             ContigRef::Ambigous(_) => None,
         }
     }
+
     pub fn breakpoints_repr(&self) -> Option<Vec<String>> {
         let left = "►";
         let right = "◄";
@@ -524,6 +525,7 @@ impl Genome {
         sequence: &[u8],
         aligner: impl Fn(String) -> Result<Vec<Mapping>>,
     ) -> Result<()> {
+        println!("adding: {name}");
         let mappings = aligner(String::from_utf8(sequence.to_vec())?)?;
         // println!("{mappings:?}");
         self.add_contig(name, mappings, None, String::from_utf8(sequence.to_vec())?)?;
@@ -546,6 +548,7 @@ impl Genome {
     }
 
     pub fn add_dir(&mut self, dir: &str) -> Result<()> {
+        info!("Adding dir: {dir}");
         let aligner_url = "http://localhost:4444/align";
         let aligner = aligner_client::dist_align(aligner_url.to_string());
         for path in get_contigs_fa_paths(dir)? {
@@ -632,6 +635,7 @@ impl Contig {
         let bam_path = format!("{contig_dir}/{}.bam", self.id);
         write_bam(&fasta_path, &reads_path, &bam_path)?;
 
+        // TODO: modify
         let bed_path = format!("{contig_dir}/contig.bed");
         match &self.contig_ref {
             ContigRef::Chimeric((a, b)) => {
@@ -1102,134 +1106,134 @@ mod tests {
     }
 
     #[test]
-    fn test_graph() -> Result<()> {
-        init();
-
-        let case = "SALICETTO";
-        let chrom = ["chr10"];
-        info!("This record will be captured by `cargo test`");
-        let genome = load_genome(case);
-
-        // let dir = format!("/data/longreads_basic_pipe/{case}/diag/asm_contis");
-        //
-        // // Load from fasta in dir.
-        // let genome = Genome::from_dir(&dir)?;
-        // genome.stats();
-        let mut genomic_graph = GenomicGraph::from_genome(&genome);
-
-        let sens = vec![true, false];
-        let pos = vec![0, i32::MAX];
-        let mut all_ways = Vec::new();
-        if chrom.len() > 1 {
-            (0..4).into_iter().for_each(|i| {
-                let start_pos = if i < 2 { 0 } else { i32::MAX };
-                let end_pos = pos[i % 2];
-
-                (0..4).into_iter().for_each(|i| {
-                    let start_sens = if i < 2 { true } else { false };
-                    let end_sens = sens[i % 2];
-                    (0..4).into_iter().for_each(|i| {
-                        let start_chr = if i < 2 { chrom[0] } else { chrom[1] };
-                        let end_chr = chrom[i % 2];
-                        let start = (start_sens, start_chr, start_pos);
-                        let end = (end_sens, end_chr, end_pos);
-
-                        let (oriented_graph, _integrated_graph, ways) =
-                            genomic_graph.ways(start, end);
-
-                        let dot = oriented_graph.dot_graph();
-                        println!("dot\n{dot}");
-
-                        for (_i, way) in ways.iter().enumerate() {
-                            let s = way
-                                .iter()
-                                .map(|(_, _, _, s)| s.to_string())
-                                .collect::<Vec<String>>()
-                                .join("");
-                            all_ways.push(s);
-                        }
-                    });
-                });
-            });
-        } else {
-            let start_chr = chrom[0];
-            let end_chr = chrom[0];
-            let start = (true, start_chr, 0);
-            let end = (true, end_chr, i32::MAX);
-
-            let (oriented_graph, _integrated_graph, ways) = genomic_graph.ways(start, end);
-
-            let dot = oriented_graph.dot_graph();
-            println!("dot\n{dot}");
-
-            for (_i, way) in ways.iter().enumerate() {
-                let s = way
-                    .iter()
-                    .map(|(_, _, _, s)| s.to_string())
-                    .collect::<Vec<String>>()
-                    .join("");
-                all_ways.push(s);
-            }
-        }
-
-        all_ways.dedup();
-        all_ways
-            .iter()
-            .enumerate()
-            .for_each(|(i, s)| println!("{i}.\t{s}"));
-
-        // let s = Dot::new(&integrated_graph).to_string().replace("\\\"", "");
-        // let x11_colors: Vec<String> = vec![
-        //     String::from("Red"),
-        //     String::from("Green"),
-        //     String::from("Blue"),
-        //     String::from("Cyan"),
-        //     String::from("Magenta"),
-        //     String::from("Yellow"),
-        //     String::from("DarkRed"),
-        //     String::from("DarkGreen"),
-        //     String::from("DarkBlue"),
-        //     String::from("DarkCyan"),
-        //     String::from("DarkMagenta"),
-        //     String::from("DarkYellow"),
-        //     String::from("LightRed"),
-        //     String::from("LightGreen"),
-        //     String::from("LightBlue"),
-        //     String::from("LightCyan"),
-        //     String::from("LightMagenta"),
-        //     String::from("LightYellow"),
-        //     String::from("Orange"),
-        //     String::from("Brown"),
-        //     String::from("Beige"),
-        // ];
-        // let mut s = s.clone();
-        // ways.iter().enumerate().for_each(|(i, _)| {
-        //     s = s.replace(
-        //         &format!("[ label = \"{}\" ]", i + 1),
-        //         &format!(
-        //             "[ label = \"{}\" color = \"{}\" ]",
-        //             i + 1,
-        //             x11_colors[i].to_string()
-        //         ),
-        //     );
-        // });
-        // println!("{s}");
-        //
-        // for (i, way) in ways.iter().enumerate() {
-        //     let s = way
-        //         .iter()
-        //         .map(|(_, _, _, s)| s.to_string())
-        //         .collect::<Vec<String>>()
-        //         .join("");
-        //     println!("{}.\t{s}", i + 1);
-        // }
-        Ok(())
-    }
+    // fn test_graph() -> Result<()> {
+    //     init();
+    //
+    //     let case = "SALICETTO";
+    //     let chrom = ["chr10"];
+    //     info!("This record will be captured by `cargo test`");
+    //     let genome = load_genome(case);
+    //
+    //     // let dir = format!("/data/longreads_basic_pipe/{case}/diag/asm_contis");
+    //     //
+    //     // // Load from fasta in dir.
+    //     // let genome = Genome::from_dir(&dir)?;
+    //     // genome.stats();
+    //     let mut genomic_graph = GenomicGraph::from_genome(&genome);
+    //
+    //     let sens = vec![true, false];
+    //     let pos = vec![0, i32::MAX];
+    //     let mut all_ways = Vec::new();
+    //     if chrom.len() > 1 {
+    //         (0..4).into_iter().for_each(|i| {
+    //             let start_pos = if i < 2 { 0 } else { i32::MAX };
+    //             let end_pos = pos[i % 2];
+    //
+    //             (0..4).into_iter().for_each(|i| {
+    //                 let start_sens = if i < 2 { true } else { false };
+    //                 let end_sens = sens[i % 2];
+    //                 (0..4).into_iter().for_each(|i| {
+    //                     let start_chr = if i < 2 { chrom[0] } else { chrom[1] };
+    //                     let end_chr = chrom[i % 2];
+    //                     let start = (start_sens, start_chr, start_pos);
+    //                     let end = (end_sens, end_chr, end_pos);
+    //
+    //                     let (oriented_graph, _integrated_graph, ways) =
+    //                         genomic_graph.ways(start, end);
+    //
+    //                     let dot = oriented_graph.dot_graph();
+    //                     println!("dot\n{dot}");
+    //
+    //                     for (_i, way) in ways.iter().enumerate() {
+    //                         let s = way
+    //                             .iter()
+    //                             .map(|(_, _, _, s)| s.to_string())
+    //                             .collect::<Vec<String>>()
+    //                             .join("");
+    //                         all_ways.push(s);
+    //                     }
+    //                 });
+    //             });
+    //         });
+    //     } else {
+    //         let start_chr = chrom[0];
+    //         let end_chr = chrom[0];
+    //         let start = (true, start_chr, 0);
+    //         let end = (true, end_chr, i32::MAX);
+    //
+    //         let (oriented_graph, _integrated_graph, ways) = genomic_graph.ways(start, end);
+    //
+    //         let dot = oriented_graph.dot_graph();
+    //         println!("dot\n{dot}");
+    //
+    //         for (_i, way) in ways.iter().enumerate() {
+    //             let s = way
+    //                 .iter()
+    //                 .map(|(_, _, _, s)| s.to_string())
+    //                 .collect::<Vec<String>>()
+    //                 .join("");
+    //             all_ways.push(s);
+    //         }
+    //     }
+    //
+    //     all_ways.dedup();
+    //     all_ways
+    //         .iter()
+    //         .enumerate()
+    //         .for_each(|(i, s)| println!("{i}.\t{s}"));
+    //
+    //     // let s = Dot::new(&integrated_graph).to_string().replace("\\\"", "");
+    //     // let x11_colors: Vec<String> = vec![
+    //     //     String::from("Red"),
+    //     //     String::from("Green"),
+    //     //     String::from("Blue"),
+    //     //     String::from("Cyan"),
+    //     //     String::from("Magenta"),
+    //     //     String::from("Yellow"),
+    //     //     String::from("DarkRed"),
+    //     //     String::from("DarkGreen"),
+    //     //     String::from("DarkBlue"),
+    //     //     String::from("DarkCyan"),
+    //     //     String::from("DarkMagenta"),
+    //     //     String::from("DarkYellow"),
+    //     //     String::from("LightRed"),
+    //     //     String::from("LightGreen"),
+    //     //     String::from("LightBlue"),
+    //     //     String::from("LightCyan"),
+    //     //     String::from("LightMagenta"),
+    //     //     String::from("LightYellow"),
+    //     //     String::from("Orange"),
+    //     //     String::from("Brown"),
+    //     //     String::from("Beige"),
+    //     // ];
+    //     // let mut s = s.clone();
+    //     // ways.iter().enumerate().for_each(|(i, _)| {
+    //     //     s = s.replace(
+    //     //         &format!("[ label = \"{}\" ]", i + 1),
+    //     //         &format!(
+    //     //             "[ label = \"{}\" color = \"{}\" ]",
+    //     //             i + 1,
+    //     //             x11_colors[i].to_string()
+    //     //         ),
+    //     //     );
+    //     // });
+    //     // println!("{s}");
+    //     //
+    //     // for (i, way) in ways.iter().enumerate() {
+    //     //     let s = way
+    //     //         .iter()
+    //     //         .map(|(_, _, _, s)| s.to_string())
+    //     //         .collect::<Vec<String>>()
+    //     //         .join("");
+    //     //     println!("{}.\t{s}", i + 1);
+    //     // }
+    //     Ok(())
+    // }
 
     #[test]
     fn dir() {
         init();
-        let id = "CHAMPION";
+        let id = "BITANG";
 
         let mut chr: Vec<String> = (1..=22).map(|p| format!("chr{p}")).collect();
         chr.extend(["chrX", "chrY", "chrM"].iter().map(|&s| s.to_string()));
@@ -1281,15 +1285,14 @@ mod tests {
     #[test]
     fn contig() {
         init();
-        let id = "SALICETTO";
-        let chr = "chr10";
-
-        // Diag
+        let id = "BITANG";
+        let chr = "chr3";
 
         // MRD
         let dir = format!("/data/longreads_basic_pipe/{id}/mrd/assemblies/{chr}",);
         let mut genome = Genome::new();
         genome.add_dir(&dir).unwrap();
+        print!("{genome:?}");
         let mut bp_representations_mrd: Vec<String> = genome
             .iter()
             .flat_map(|(_, c)| {
@@ -1305,9 +1308,9 @@ mod tests {
             .collect();
         bp_representations_mrd.sort();
         bp_representations_mrd.dedup();
-
         info!("Mrd bp {}", bp_representations_mrd.len());
 
+        let bp_representations_mrd = Vec::new();
         let dir = format!("/data/longreads_basic_pipe/{id}/diag/assemblies/{chr}",);
         let mut genome = Genome::new();
         genome.add_dir(&dir).unwrap();
@@ -1315,6 +1318,10 @@ mod tests {
             .iter()
             .flat_map(|(_, c)| {
                 c.contigs.iter().filter_map(|contig| {
+                    println!("{:#?}", contig.hgvs());
+                    if contig.id == "47108362-81682505_8090_wtdbg2".to_string() {
+                        println!("{contig:#?}");
+                    }
                     contig
                         .breakpoints_repr()
                         .and_then(|r| r.first().cloned())
@@ -1330,12 +1337,10 @@ mod tests {
 
         let mut grouped: HashMap<String, Vec<String>> = HashMap::new();
 
-        // Groupement des IDs par breakpoint
         for (id, bp) in bp_representations {
             grouped.entry(bp).or_default().push(id);
         }
 
-        // Conversion en Vec, tri des IDs dans chaque groupe, et tri final
         let mut result: Vec<(Vec<String>, String)> = grouped
             .into_iter()
             .map(|(bp, mut ids)| {
@@ -1350,5 +1355,6 @@ mod tests {
         result
             .iter()
             .for_each(|(ids, bp)| { println!("{bp}\t{}", ids.join("|")) });
+        println!("{id}");
     }
 }