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compo get only acquisition id

Thomas 1 년 전
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src/lib.rs

@@ -676,6 +676,10 @@ pub fn bam_compo(file_path: &str, sample_size: usize) -> Result<Vec<(String, f64
     Ok(rgs
         .into_iter()
         .map(|(rg, n)| (rg.to_string(), n as f64 * 100.0 / sample_size as f64))
+        .map(|(rg, p)| {
+            let (a, _) = rg.split_once('_').unwrap();
+            (a.to_string(), p)
+        })
         .collect())
 }
 
@@ -799,6 +803,13 @@ mod tests {
         let start = 21_820_000;
         let stop = 23_000_000;
 
+        let id = "SALICETTO";
+        let chr = "chr10";
+        let start = 91_000_000;
+        let stop = 104_000_000;
+
+
+
         let result_dir = "/data/longreads_basic_pipe";
         let diag_bam_path = format!("{result_dir}/{id}/diag/{id}_diag_hs1.bam");
         let mrd_bam_path = format!("{result_dir}/{id}/mrd/{id}_mrd_hs1.bam");
@@ -809,6 +820,7 @@ mod tests {
         let h = rust_htslib::bam::header::Header::from_template(&header);
 
         let result_dir = format!("{result_dir}/{id}/diag/asm_contigs");
+
         if !std::path::PathBuf::from(&result_dir).exists() {
             std::fs::create_dir(&result_dir)?;
         }