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@@ -234,10 +234,8 @@ pub struct AlignConfig {
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impl Default for AlignConfig {
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fn default() -> Self {
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Self {
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- dorado_bin: "/data/tools/dorado-1.0.0-linux-x64/bin/dorado".to_string(),
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- // dorado_bin: "/data/tools/dorado-0.9.1-linux-x64/bin/dorado".to_string(),
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+ dorado_bin: "/data/tools/dorado-1.0.2-linux-x64/bin/dorado".to_string(),
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dorado_basecall_arg: "-x 'cuda:0,1,2,3' sup,5mC_5hmC".to_string(),
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- // to specify cuda devices (exclude the T1000)
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ref_fa: "/data/ref/hs1/chm13v2.0.fa".to_string(),
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ref_mmi: "/data/ref/chm13v2.0.mmi".to_string(),
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samtools_view_threads: 20,
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