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      src/variant/variant.rs

+ 8 - 1
src/variant/variant.rs

@@ -332,6 +332,13 @@ impl VcfVariant {
             return Some(nt.len().saturating_sub(1) as u32);
         }
 
+
+        if let (ReferenceAlternative::Nucleotides(nt), ReferenceAlternative::Nucleotides(bnt)) =
+            (&self.reference, &self.alternative)
+        {
+            return Some(nt.len().saturating_sub(bnt.len()) as u32);
+        }
+
         None
     }
 
@@ -343,7 +350,7 @@ impl VcfVariant {
                 .position
                 .position
                 .checked_add(len)
-                .unwrap_or(self.position.position + 1),
+                .unwrap_or(self.position.position + 2),
         })
     }
 }