[2025-11-28 19:36:03.073] [info] Running: "aligner" "--threads" "20" "--allow-sec-supp" "--mm2-opts" "--secondary yes" "/mnt/beegfs02/scratch/t_steimle/ref/hs1/chm13v2.0.fa" "/mnt/beegfs02/scratch/t_steimle/prom_runs/20251107_OL_001_A-B/A/20251117_0915_P2I-00461-A_PBI55810_22582b29/bam_pass/barcode08/PBI55810_pass_barcode08_22582b29_d02c5bb8_2.bam" [2025-11-28 19:36:03.082] [info] num input files: 1 [2025-11-28 19:36:03.082] [info] > loading index /mnt/beegfs02/scratch/t_steimle/ref/hs1/chm13v2.0.fa [2025-11-28 19:37:09.719] [info] > starting alignment [2025-11-28 19:37:09.719] [info] processing '/mnt/beegfs02/scratch/t_steimle/prom_runs/20251107_OL_001_A-B/A/20251117_0915_P2I-00461-A_PBI55810_22582b29/bam_pass/barcode08/PBI55810_pass_barcode08_22582b29_d02c5bb8_2.bam' > Output records written: 58 > Output records written: 116 > Output records written: 153 > Output records written: 221 > Output records written: 284 > Output records written: 333 > Output records written: 393 > Output records written: 442 > Output records written: 507 > Output records written: 566 > Output records written: 632 > Output records written: 698 > Output records written: 753 > Output records written: 807 > Output records written: 863 > Output records written: 931 > Output records written: 989 > Output records written: 1051 > Output records written: 1104 > Output records written: 1152 > Output records written: 1218 > Output records written: 1277 > Output records written: 1335 > Output records written: 1385 > Output records written: 1427 > Output records written: 1479 > Output records written: 1533 > Output records written: 1592 > Output records written: 1640 > Output records written: 1694 > Output records written: 1758 > Output records written: 1815 > Output records written: 1861 > Output records written: 1925 > Output records written: 1975 > Output records written: 2024 > Output records written: 2082 > Output records written: 2132 > Output records written: 2189 > Output records written: 2237 > Output records written: 2316 > Output records written: 2382 > Output records written: 2440 > Output records written: 2484 > Output records written: 2535 > Output records written: 2585 > Output records written: 2642 > Output records written: 2698 > Output records written: 2767 > Output records written: 2818 > Output records written: 2895 > Output records written: 2956 > Output records written: 3025 > Output records written: 3073 > Output records written: 3132 > Output records written: 3198 > Output records written: 3259 > Output records written: 3321 > Output records written: 3391 > Output records written: 3453 > Output records written: 3522 > Output records written: 3590 > Output records written: 3660 > Output records written: 3711 > Output records written: 3771 > Output records written: 3833 > Output records written: 3899 > Output records written: 3960 > Output records written: 4039 > Output records written: 4099 > Output records written: 4156 > Output records written: 4218 > Output records written: 4286 > Output records written: 4359 > Output records written: 4436 > Output records written: 4499 > Output records written: 4567 > Output records written: 4630 > Output records written: 4701 > Output records written: 4755 > Output records written: 4836 > Output records written: 4887 > Output records written: 4987 > Output records written: 5041 > Output records written: 5097 > Output records written: 5169 > Output records written: 5233 > Output records written: 5292 > Output records written: 5366 > Output records written: 5449 > Output records written: 5513 > Output records written: 5572 > Output records written: 5630 > Output records written: 5707 > Output records written: 5759 > Output records written: 5835 > Output records written: 5904 > Output records written: 5978 > Output records written: 6049 > Output records written: 6127 > Output records written: 6190 > Output records written: 6244 > Output records written: 6306 > Output records written: 6383 > Output records written: 6450 > Output records written: 6511 > Output records written: 6582 > Output records written: 6633 > Output records written: 6698 > Output records written: 6771 > Output records written: 6844 > Output records written: 6898 > Output records written: 6954 > Output records written: 7027 > Output records written: 7095 > Output records written: 7141 > Output records written: 7205 > Output records written: 7260 > Output records written: 7332 > Output records written: 7397 > Output records written: 7454 > Output records written: 7527 > Output records written: 7588 > Output records written: 7670 > Output records written: 7757 > Output records written: 7832 > Output records written: 7890 > Output records written: 7951 > Output records written: 8016 > Output records written: 8087 > Output records written: 8147 > Output records written: 8220 > Output records written: 8298 > Output records written: 8350 > Output records written: 8422 > Output records written: 8481 > Output records written: 8542 > Output records written: 8607 > Output records written: 8668 > Output records written: 8736 > Output records written: 8800 > Output records written: 8867 > Output records written: 8921 > Output records written: 8987 > Output records written: 9063 > Output records written: 9123 > Output records written: 9194 > Output records written: 9261 > Output records written: 9339 > Output records written: 9405 > Output records written: 9471 > Output records written: 9535 > Output records written: 9605 > Output records written: 9673 > Output records written: 9741 > Output records written: 9819 > Output records written: 9881 > Output records written: 9944 > Output records written: 10000 > Output records written: 10053 > Output records written: 10109 > Output records written: 10173 > Output records written: 10229 > Output records written: 10309 > Output records written: 10414 > Output records written: 10483 > Output records written: 10545 > Output records written: 10612 > Output records written: 10669 > Output records written: 10745 > Output records written: 10814 > Output records written: 10884 > Output records written: 10949 > Output records written: 11008 > Output records written: 11080 > Output records written: 11140 > Output records written: 11194 > Output records written: 11261 > Output records written: 11337 > Output records written: 11400 > Output records written: 11467 > Output records written: 11533 > Output records written: 11597 > Output records written: 11670 > Output records written: 11741 > Output records written: 11808 > Output records written: 11865 > Output records written: 11936 > Output records written: 12005 > Output records written: 12076 > Output records written: 12142 > Output records written: 12220 > Output records written: 12294 > Output records written: 12361 > Output records written: 12427 > Output records written: 12506 > Output records written: 12576 > Output records written: 12648 > Output records written: 12708 > Output records written: 12763 > Output records written: 12820 > Output records written: 12893 > Output records written: 12956 > Output records written: 13022 > Output records written: 13090 > Output records written: 13173 > Output records written: 13239 > Output records written: 13305 > Output records written: 13369 > Output records written: 13423 > Output records written: 13494 > Output records written: 13567 > Output records written: 13637 > Output records written: 13702 > Output records written: 13773 > Output records written: 13845 > Output records written: 13914 > Output records written: 13979 > Output records written: 14045 > Output records written: 14097 > Output records written: 14161 > Output records written: 14227 > Output records written: 14276 > Output records written: 14339 > Output records written: 14409 > Output records written: 14465 > Output records written: 14535 > Output records written: 14589 > Output records written: 14653 > Output records written: 14710 > Output records written: 14773 > Output records written: 14854 > Output records written: 14923 > Output records written: 14990 > Output records written: 15066 > Output records written: 15133 > Output records written: 15201 > Output records written: 15271 > Output records written: 15339 > Output records written: 15412 > Output records written: 15476 > Output records written: 15535 > Output records written: 15595 > Output records written: 15664 > Output records written: 15736 > Output records written: 15847 > Output records written: 15908 > Output records written: 15981 > Output records written: 16048 > Output records written: 16108 > Output records written: 16174 > Output records written: 16237 > Output records written: 16310 > Output records written: 16378 > Output records written: 16439 > Output records written: 16513