This website works better with JavaScript
Эхлэл
Бүгдийг харах
Тусламж
Бүртгүүлэх
Нэвтрэх
Thomas
/
pandora_lib_promethion
Үзэх жагсаалтад нэмэх
1
Онцлох жагсаалтад нэмэх
0
Салаа
0
Файлууд
Асуудлууд
0
Хуулах хүсэлтүүд
0
Мэдлэгийн сан
Тайлбар байхгүй
56
Коммитууд
1
Салаанууд
0
Хувилбарууд
Мод:
80ba19f211
Салаанууд
Тагууд
master
pandora_lib_pro...
HTTPS
SSH
ZIP
TAR.GZ
Thomas
80ba19f211
annotate_with_constit_bam (HighConstitAlt + LowConstitDepth) // counts_ins_at // alteration cat
1 жил өмнө
src
80ba19f211
annotate_with_constit_bam (HighConstitAlt + LowConstitDepth) // counts_ins_at // alteration cat
1 жил өмнө
.gitignore
494efb6235
run
1 жил өмнө
Cargo.lock
e01ab06376
somatic pipeline / blake3 128 for annotations hash / seq from fasta at position +/- len, entropy
1 жил өмнө
Cargo.toml
e01ab06376
somatic pipeline / blake3 128 for annotations hash / seq from fasta at position +/- len, entropy
1 жил өмнө
README.md
e0894f5af7
bcftools keep only in a + modkit pileup
1 жил өмнө
README.md
Install
Dependencies
For building required HTSlib:
sudo apt install cmake libclang-dev
minimap2
(samtools)[
https://www.htslib.org/download/
]
(dorado)[
https://github.com/nanoporetech/dorado
]
(bcftools)[
https://www.htslib.org/download/
]
(modkit)[
https://github.com/nanoporetech/modkit
]
VEP: cf pandora_lib_variants for VEP install
nanomonsv (cf dependencies at github, TODO: use racon) ###