Thomas
b1c023fb7f
up
|
1 năm trước cách đây | |
|---|---|---|
| jq_filters | 1 năm trước cách đây | |
| src | 1 năm trước cách đây | |
| .gitignore | 1 năm trước cách đây | |
| Cargo.lock | 1 năm trước cách đây | |
| Cargo.toml | 1 năm trước cách đây | |
| README.md | 1 năm trước cách đây |
README.md
Install
Dependencies
For building required HTSlib:
sudo apt install cmake libclang-dev
- minimap2
- (samtools)[https://www.htslib.org/download/]
- (dorado)[https://github.com/nanoporetech/dorado]
- (bcftools)[https://www.htslib.org/download/]
- (modkit)[https://github.com/nanoporetech/modkit]
- VEP: cf pandora_lib_variants for VEP install
- nanomonsv (cf dependencies at github, TODO: use racon)
Usage
Use jq for selecting variants:
Somatic Variants of chrM (25)
zcat /data/longreads_basic_pipe/*/diag/somatic_variants.json.gz | \ jq -L ./jq_filters -C 'include "jq_filters"; [.data[] | select(.position.contig == 25 and n_in_constit <= 1) | format]'