pandora_lib_variants/src/callers/clairs.rs

use serde::{Deserialize, Serialize};
use std::str::FromStr;

pub type ClairSInfo = String;

#[derive(Debug, Serialize, Deserialize, PartialEq, Clone)]
pub struct ClairSFormat {
    pub gt: String,
    pub gq: u32,
    pub dp: u32,
    pub af: f64,
    pub ad: Vec<u32>,
    pub naf: f64,
    pub ndp: u32,
    pub nad: Vec<u32>,
    pub au: u32,
    pub cu: u32,
    pub gu: u32,
    pub tu: u32,
    pub nau: u32,
    pub ncu: u32,
    pub ngu: u32,
    pub ntu: u32,
}

impl FromStr for ClairSFormat {
    type Err = anyhow::Error;

    fn from_str(s: &str) -> anyhow::Result<Self> {
        let vals = s.split(':').collect::<Vec<&str>>();

        Ok(ClairSFormat {
            gt: vals.get(0).unwrap().to_string(),
            gq: vals.get(1).unwrap().parse()?,
            dp: vals.get(2).unwrap().parse()?,
            af: vals.get(3).unwrap().parse()?,
            ad: vals
                .get(4)
                .unwrap()
                .split(',')
                .map(|e| e.parse().unwrap())
                .collect(),
            naf: vals.get(5).unwrap().parse()?,
            ndp: vals.get(6).unwrap().parse()?,
            nad: vals
                .get(7)
                .unwrap()
                .split(',')
                .map(|e| e.parse().unwrap())
                .collect(),
            au: vals.get(8).unwrap().parse()?,
            cu: vals.get(9).unwrap().parse()?,
            gu: vals.get(10).unwrap().parse()?,
            tu: vals.get(11).unwrap().parse()?,
            nau: vals.get(12).unwrap().parse()?,
            ncu: vals.get(13).unwrap().parse()?,
            ngu: vals.get(14).unwrap().parse()?,
            ntu: vals.get(15).unwrap().parse()?,
        })
    }
}