Presentation_Translocations_Capture/presentation.tex

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%Graphics and Videos
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  \begingroup
  \renewcommand\thefootnote{}\footnote{{\tiny #1}}%
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  \endgroup
}


%Page de titre:
\title[Identification de translocations par NGS capture]
{Identification de translocations par NGS capture}


\author{Dr. Thomas Steimlé}
\institute[OH]{
  Laboratoire d'oncohématologie de l'hôpital Necker\\
  \vfill
  \begin{figure}[!b]
    \centering
    \includegraphics[height=1cm]{Images/1200aphp.pdf}\hspace*{5.5cm}~
    \includegraphics[height=1.5cm]{Images/necker.pdf}
  \end{figure}
}
\date{Février 2021}


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%\logo{\includegraphics[width=3cm]{Images/1200aphp.svg.png}}
\begin{document}

\begin{frame}
\maketitle
\thispagestyle{empty}




\end{frame}
%\frame{\titlepage}
%\logo{}

\begin{frame}
	\frametitle{Sommaire}
  \setcounter{tocdepth}{1}
	\tableofcontents
\end{frame}

\section{Introduction}

\begin{frame}
\frametitle{Introduction}
\begin{itemize}
  \item \textbf{Rationnel} : les fragments d'ADN capturés peuvent contenir des points de cassures 
  si ils sont à une distance proche des sondes. La séquence de ces fragments étant chimérique, 
  l'alignement sur le génome de référence ne permet pas d'observer les translocations.
  \item \textbf{Objectifs} : détecter les reads chimériques et identifier les partenaires qui les composent.
  \item \textbf{Hypothèse} : il existe des translocations impliquant des partenaires inconnus.
  \item \textbf{Hypothèse alternative} : il existe des insertions de TREC.
\end{itemize}
\end{frame}

\section{LAL-T}

\begin{frame}
  \frametitle{Translocations réciproques équilibrées impliquant \textit{TRD-A}}
  Les translocations impliquants le locus \textit{TRD-A} sont observées dans \alert{$\approx$ 20 \% des LAL-T}. Avec pour partenaires principaux:
  \begin{itemize}
    \item \textit{TLX1} t(10;14)(q24;q11) EFS allongé
    \item \textit{TAL1} t(1;14)(p33;q11)
    \item \textit{LMO1} t(11;14)(p15;q11) 
    \item \textit{LMO2} t(11;14)(p13;q11)
  \end{itemize}
    \begin{center}  
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/translocation_10_14.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
  
  \blfootnote{Bergeron J, et al. Blood. 2007 Oct 1;110(7):2324-30.2007 Jul 3. PMID: 17609427.}
  \blfootnote{Dik WA, et al. Blood. 2007 Jul 1;110(1):388-92. PMID: 17360939.}
\end{frame}



\section{Méthode}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: confection de la bibliothèque}
  1) \alert{Fragmentation} mécanique des chromosomes tumoraux en fragements allant de 200 à 900 pb.
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/fragmentation.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: confection de la bibliothèque}
  2) \alert{Sélection} des fragments d'intérêt par sondes magnétiques (rouge) içi les sondes ont été choisies pour être complémentaires des locus \textit{TRDV} \textit{TRDD}.
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/selection.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: analyse}
  3) \alert{Séquençage} (paired-end 2x 150) des fragments puis \alert{alignement} (bwa mem) des reads (R1/R2) sur le génome de référence (hg19).
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/alignement.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Méthode: analyse}
  4) \alert{Détection} des positions ou les reads anormaux sont nombreux (SVXplorer), ces reads anormaux sont ensuites isolés (awk).\\
  5) \alert{Assemblage} entre eux des reads anormaux (spades) pour obtenir une \alert{séquence consensus} qui est alignée sur le génome de référence afin d'identifier les partenaires et le point de cassure (bwa mem).
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/assemblage.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\section{Résultats préliminaires}
\begin{frame}
  \frametitle{Comparaison avec la FISH \textit{TRD}}
  \begin{itemize}
    \item N = 265
  \end{itemize}
  \begin{center}
    \begin{tabular}{|l|c|c|}\hline
      \diaghead{\theadfont Diag ColumnmnHead II}{NGS}{FISH}&
      \thead{+}&\thead{-}\\
      \hline
      + & 41 & 4 \\
      \hline
      - & 4 & 216 \\
      \hline
    \end{tabular}
  \end{center}
  \begin{itemize}
    \item Sensibilité = 91 $\%$
    \item Spécificité = 98 $\%$
  \end{itemize}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[height=\textheight]{Images/TRD_all.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}


\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire TLX1}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/gviz_stacked/TRD-TLX1.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire LMO2}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/gviz_stacked/TRD-LMO2.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire TAL1}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/gviz_stacked/TRD-TAL1.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire ZFP36L2}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
        \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/gviz_stacked/TRD-ZFP36L2.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}


\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire ZFP36L2}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
      \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/RAG_ZFP36L2.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}


\begin{frame}
  \frametitle{Translocations impliquant le locus TRD avec pour partenaire ZFP36L2}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
      \includegraphics[height=\textheight-5pt]{Images/RAG_ZFP36L2_mech.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Alignement sur le neo-chromosome pTer-ZFP36L2-TREC-ZFP36L2-centro}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
      \includegraphics[height=\textheight-22pt]{Images/RAG_ZFP_TREC_ZFP.pdf}
    \end{figure}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Recombination signal sequences}
  \begin{center}
    \begin{figure}
        \centering
      \includegraphics[width=\textwidth]{Images/RSS.pdf}
    \end{figure}
    \begin{itemize}
      \item Très probable \alert{ré-insertion d'une boucle d'excision} du \textit{TRD} (D2-D3).
      \item Cependant il semble que des translocations homozygotes doivent être éliminées (long-reads).
    \end{itemize}
  \end{center}
\end{frame}

\begin{frame}
  \frametitle{Caracteristiques des cas}
  \begin{table}
    \begin{tabular}[tl]{lccccr}
      \toprule
      \textbf{Nom} & \textbf{Clonotype} & \textbf{NOTCH1/FBXW7} & \textbf{ETP} & \textbf{HOXA} & \textbf{Comm} \\
      \midrule
      RAGOT & 2 x $\delta$D2-$\delta$D3 & Q2398* & 0 & 1 & \\
      TAHIR	& $\delta$D2-$\delta$D3 // GL	& P2514fs	& 1	& 1 & \\
      NEREE	&	& FBXW7 R465H	& “immature”	& 0 & \\
      2080178	& $\delta$D2-$\delta$J1 // $\delta$V1-$\delta$J2	& (NRAS)	& 0	& 0 & \\
      HAOUZI	& $\delta$D2-$\delta$J1 // $\delta$V1-$\delta$J2	& P2443fs	& 0	& 0	& e1a2 \\
      JANOWSKA	&	& T1602S	&	& 0 & \\
      \bottomrule
    \end{tabular}
  \end{table}
  \begin{itemize}
    \item Clonotypes compatibles
    \item Prédominance de mutations \alert{PEST} sur la voie NOTCH1 ($\thickapprox 80\%$)
  \end{itemize}
\end{frame}


\begin{frame}[t]
  \frametitle{ZFP36L2 --- Bibliographie }
    \begin{columns}[onlytextwidth,T]
      \column{\dimexpr\linewidth-30mm}
      \begin{itemize}
        \item Molécule de liaison aux ARNm (RBP) en 3' UTR.
        \item Régule l'expression en favorisant la dégradation de certains ARNm (excision de la queue polyA).
        \item \alert{dKO (L1$^{\textrm{fl}/\textrm{fl}}$L2$^{\textrm{fl}/\textrm{fl}}$ cd2-cre) murin $\rightarrow$ LAL-T}.
        \item Réduction de l'expression d'icTCR-β dans la pop DN dKO.
        \item Augmentation de l'expression de \alert{Notch1} relativement à thymus normal et notamment dans la pop DN.
        \item L'expression de ZFP36L2 serait régulée positivement par Tcf-1.
      \end{itemize}
      \column{30mm}
      \includegraphics[width=40mm]{Images/dko_zfp_surv.png}
    \end{columns}
  
  \blfootnote{Hodson DJ, Janas ML, Galloway A, et al. Deletion of the RNA-binding proteins ZFP36L1 and ZFP36L2 leads to perturbed thymic development and T lymphoblastic leukemia. Nat Immunol. 2010;11(8):717-724}
  \blfootnote{Wang F, Qi Z, Yao Y, et al. Exploring the stage-specific roles of Tcf-1 in T cell development and malignancy at single-cell resolution. Cell Mol Immunol. 2021;18(3):644-659. doi:10.1038/s41423-020-00527-1}
\end{frame}

\begin{frame}[t]
  \frametitle{ZFP36L2 --- Bibliographie}
    \begin{itemize}
      \item L'\alert{hyperméthylation} d'un super enhancer de ZFP36L2 est observée dans les cancers squameux de l'oesophage ($\thicksim$1 kb en aval du 3’UTR).
      \item Des \alert{mutations récurrentes} de type fs ou ponctuelle ont été observées dans les LA. Jurkat = P190L, CEM et PEER = A329V. Ainsi que des délétions.
      \item Dans LT$_{\textrm{M}}$ liaison aux pre-ARNm notamment de INFg, TNF, Pim1 puis \alert{bloque la formation du complexe ribosomal} et la traduction. Lors de l'activation des LT$_{\textrm{M}}$ cette \alert{inhibition est rapidement levée} et permet une traduction importante.
    \end{itemize}
  \blfootnote{Lin, De-Chen et al. “Identification of distinct mutational patterns and new driver genes in oesophageal squamous cell carcinomas and adenocarcinomas.” Gut vol. 67,10 (2018): 1769-1779. doi:10.1136/gutjnl-2017-314607}
  \blfootnote{Iwanaga E, Nanri T, Mitsuya H, Asou N. Mutation in the RNA binding protein TIS11D/ZFP36L2 is associated with the pathogenesis of acute leukemia. Int J Oncol. 2011;38(1):25-31. }
  \blfootnote{Salerno F, Engels S, van den Biggelaar M, et al. Translational repression of pre-formed cytokine-encoding mRNA prevents chronic activation of memory T cells. Nat Immunol. 2018;19(8):828-837. doi:10.1038/s41590-018-0155-6}
\end{frame}

\begin{frame}[standout]
  Supp
\end{frame}


\end{document}

\begin{frame}
  \frametitle{Introduction}
  \begin{figure}
    \centering
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\end{frame}