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 \lstdefinestyle{mystyle}{
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@@ -104,7 +103,7 @@
     \egroup
 }
 %Page de titre:
-\title[]{\emoji{dna} Title}
+\title[]{\emoji{dna} Biblio: Épigénétique et LALT}
 
 \author{Dr. Thomas Steimlé}
 
@@ -146,32 +145,7 @@
   \blfootnote{April 25, 2023}
 \end{frame}
 
-\begin{frame}{Introduction: capture de la conformation chromosomique (3C)}
-  \begin{columns} 
-    % Column 1
-    \begin{column}{.5\textwidth}
-      \begin{itemize}
-        \item Technologie développée en 2002 pour permettre de révéler les interactions entre les chromosomes au sein du noyau.
-        \item \alert{Fixation} \rightarrow \alert{Digestion} \rightarrow \alert{Ligation}
-        \item \alert{qPCR} multiplex avec amorces spécifique de position \rightarrow \alert{matrice}
-      \end{itemize}
-    \end{column}
-    % Column 2
-    \begin{column}{.5\textwidth}
-      \begin{center}
-        \includegraphics[height=.33\textheight]{Images/3C_schema.png}
-        \includegraphics[height=.15\textheight]{Images/3C_primers_pos.png}
-        \includegraphics[height=.33\textheight]{Images/3C_matrix.png}
-      \end{center}
-    \end{column}
-  \end{columns}
-  \vfill
-  \footnotetext[1]{\tiny{Dekker, Job et al. “Capturing chromosome conformation.” Science (New York, N.Y.) vol. 295,5558 (2002): 1306-11. doi:10.1126/science.1067799}}
-\end{frame}
-
-
-\begin{frame}
-  \vspace*{.5cm}
+\begin{frame}{CTCF}
   \begin{columns} 
     % Column 1
     \begin{column}{.30\textwidth}
@@ -192,7 +166,7 @@
       \end{center}
     \end{column}
   \end{columns}
-  \vspace*{.5cm}  
+
   \blfootnote{
   \begin{itemize}
     \item[-] Dixon Jesse R et al. “Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions.” Nature vol. 485,7398 376-80. 11 Apr. 2012, doi:10.1038/nature11082
@@ -251,7 +225,6 @@
 \end{frame}
 
 \begin{frame}{\emoji{test-tube} Matériel}
-  \ding{43}
   \begin{itemize}
     \item 181 LAL-T pédiatriques 
     \item CGH-array / MLPA CTCF / ChIP CTCF / Methylation-array / Expression-array 
@@ -261,8 +234,8 @@
 \begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
   
   \begin{itemize}
-    \item[{\large \ding{43}}] En \alert{CGH}: la zone minimale observées des délétions 16q inclus les exons 1 à 4 de \textit{CTCF}.
-    \item[{\large \ding{43}}] En \alert{MLPA}: 9\% (n = 18) des cas présentent une délétion hétérozygote de \textit{CTCF}.
+    \item[{\large \ding{43}}] \alert{CGH} 8\% (n = 7/92) la zone minimale observées des délétions 16q inclus les exons 1 à 4 de \textit{CTCF}.
+    \item[{\large \ding{43}}] \alert{MLPA} 9\% (n = 18) des cas présentent une délétion hétérozygote de \textit{CTCF}.
   \end{itemize}
   
   \vspace{1.5cm}
@@ -366,9 +339,9 @@
 \begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
 
   \begin{itemize}
-    \item[{\large \ding{43}}] Séquençage des translocations: sur 31 patients TLX3\_r le partenaire est \textit{BCL11B}.
-    \item[{\large \ding{43}}] \alert{La majorité des BP positionnent le promoteur \textit{BCL11B} MP de en amont de \textit{TLX3}.}
-    \item[{\large \ding{43}}] \alert{en 171.70 préservation d'un site CTCF pouvant jouer un rôle d'isolateur.}
+    \item[{\large \ding{43}}] Séquençage des TLX3\_r: pour 31 patients le partenaire est \textit{BCL11B}.
+    \item[{\large \ding{43}}] \alert{La majorité des BP positionnent l'enhanceur de \textit{BCL11B} en amont de \textit{TLX3}.}
+    \item[{\large \ding{43}}] \alert{en 171.70 préservation d'un locus CTCF pouvant jouer un rôle d'isolant à l'enhanceur.}
   \end{itemize}
 
   \begin{center}
@@ -379,14 +352,14 @@
 
 \begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
 
-  \underline{Hypothèse}: \alert{Le site CTCF compris entre \textit{BCL11B}-enh et \textit{TLX3} inhibe l'action de l'enhanceur} en cas d'haplo-insuffisance du CTCF $\implies$ levée de cette inhibition.   
+  \underline{Hypothèse}: \alert{Le locus CTCF compris entre l'enhanceur de \textit{BCL11B} et \textit{TLX3}} en cas d'haplo-insuffisance du CTCF $\implies$ levée de cette inhibition.   
 
   \begin{center}
-    \includegraphics[width=.75\textwidth]{Images/txl3enhc_bcl11b.png}
+    \includegraphics[width=.7\textwidth]{Images/txl3enhc_bcl11b.png}
   \end{center}
   
   \begin{itemize}
-    \item[{\large \ding{43}}] Dans les cas mutés \textit{CTCF} la distance entre \textit{BCL11B}-enh et \textit{TLX3} est plus grande.
+    \item[{\large \ding{43}}] Dans les cas mutés \textit{CTCF} la distance entre l'enhanceur de \textit{BCL11B} et \textit{TLX3} est plus grande (inclus le locus CTCF).
     \item[{\large \ding{43}}] Augmentation de l'expression de \textit{TLX3} relativement à \textit{BCL11B}.
     \item[{\large \ding{43}}] Augmentation de la quantité de lymphocytes au diagnostic.
   \end{itemize}
@@ -400,8 +373,8 @@
     \begin{column}{.3\textwidth}
       \begin{itemize}
         \item[-] 4C-seq (n = 9, TLX3\_r, 7 \textit{CTCF} alt, 2 WT).
-        \item[-] Intensité du signal proportionnelle aux interactions avec le promoteur de \textit{BCL11B}. Allèle non réarrangé.
-        \item[{\large \ding{43}}] Pas de différence WT vs \textit{CTCF} alt.
+        \item[-] Allèle non réarrangé. Intensité du signal proportionnelle aux interactions avec le promoteur de \textit{BCL11B}.
+        \item[{\large \ding{43}}] Pas de différence \textit{CTCF} WT vs Alt.
       \end{itemize}
     \end{column}
     % Column 2
@@ -416,30 +389,31 @@
 \begin{frame}{\emoji{microscope} Résultats --- Observations}
 
   \begin{columns} 
-    % Column 1
+    
     \begin{column}{.3\textwidth}
       \begin{itemize}
         \item[-] Intensité du signal proportionnelle aux interactions avec le promoteur de \textit{TLX3}. Allèle réarrangé.
-        \item[{\large \ding{43}}] Pas de différence WT vs \textit{CTCF} alt, formation de boucle en cas d'altération du \textit{CTCF}. \alert{Hypothèse précédente infirmée}.
+        \item[{\large \ding{43}}] Persistance des interactions entre le promoteur de \textit{TLX3} et le locus CTCF. \alert{Hypothèse précédente infirmée}.
       \end{itemize}
     \end{column}
-    % Column 2
+    
     \begin{column}{.7\textwidth}
       \begin{center}
         \includegraphics[width=.85\textwidth]{Images/4c_cl.png}
       \end{center}
     \end{column}
   \end{columns}
+
   \begin{itemize}
-    \item[{\large \ding{43}}] \underline{Nouvelle hypothèse}: \alert{compétition d'interactions} entre promoteur de \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ enhanceur de \textit{BCL11B} et promoteur de \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ site CTCF.
+    \item[{\large \ding{43}}] \underline{Complément d'hypothèse}: \alert{compétition d'interactions} entre promoteur de \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ enhanceur de \textit{BCL11B} et promoteur de \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ site CTCF.
   \end{itemize}
-\end{frame}
 
+\end{frame}
 
 \begin{frame}{\emoji{scissors} Résultats --- Expérimentation}
   \begin{itemize}
-    \item[-] Lignée HBP-ALL qui présente une translocation \textit{BCL11B}-\textit{TLX3} préservant le site CTCF et ayant une haplo-insuffisance CTCF.
-    \item[-] Transduction d'un \textit{CTCF} tagué d'expression inductible par doxycycline ainsi que d'un \textit{TLX3} d’expression constitutionnelle également tagué.
+    \item[-] Lignée HBP-ALL qui présente une translocation \textit{BCL11B}-\textit{TLX3} préservant le locus CTCF et ayant une haplo-insuffisance CTCF.
+    \item[-] Transduction d'un \textit{CTCF} tagué d'expression inductible par doxycycline ainsi que d'un \textit{TLX3} d’expression constitutionnelle également tagué (éviter la perte de viabilité).
     \item[-] Dérive les clones  G4 et E3 ayant des expressions inductibles de \textit{CTCF} de niveau modéré et élevé .
   \end{itemize}
 
@@ -451,77 +425,70 @@
 
 \begin{frame}{\emoji{scissors} Résultats --- Expérimentation}
   \begin{columns} 
-    % Column 1
-    \begin{column}{.65\textwidth}
+    
+    \begin{column}{.6\textwidth}
       \begin{center}
         \includegraphics[width=.75\textwidth]{Images/HBPALL_diff.png}
       \end{center}
     \end{column}
-    % Column 2
+    
+    \begin{column}{.4\textwidth}
+      \begin{itemize}
+        \item[-] Intensité des interactions entre promoteur de \textit{TLX3} et autres positions.
+        \item[{\large \ding{43}}] 2\textsuperscript{ème} ligne: En présence de \textit{CTCF} augmentation des interactions promoteur de \textcolor{red}{\textit{TLX3} $\leftrightarrow$ locus CTCF} et diminution des interactions \textcolor{blue}{promoteur \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ enhanceur de \textit{BCL11B}}.
+      \end{itemize}
+    \end{column}
+  \end{columns}
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{scissors} Résultats --- Expérimentation}
+  \begin{itemize}
+    \item[-] Délétion par CRISPR-Cas9 du locus CTCF faisant compétition du génome de la lignée HBP-ALL E3.
+  \end{itemize}
+
+  \begin{center}
+    \includegraphics[width=.75\textwidth]{Images/HBPALL_crispr.png}
+  \end{center}
+
+  \begin{itemize}
+    \item[{\large \ding{43}}] Expression relativement plus forte de \textit{TLX3} en cas de délétion du locus CTCF malgré la présence de CTCF.
+  \end{itemize}
+  
+\end{frame}
+
+\begin{frame}{\emoji{scissors} Résultats --- Expérimentation}
+  \begin{columns} 
+    
+    \begin{column}{.6\textwidth} 
+      \begin{center}
+        \includegraphics[width=.75\textwidth]{Images/HBPALL_crispr_res.png}
+      \end{center}
+    \end{column}
+    
     \begin{column}{.4\textwidth}
       \begin{itemize}
         \item[-] Intensité des interactions entre promoteur de \textit{TLX3} et autres positions.
-        \item[{\large \ding{43}}] En présence de \textit{CTCF} augmentation des interactions promoteur de \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ site CTCF (rouge) et diminution des interactions avec l'enhanceur.
+        \item[{\large \ding{43}}] 3\textsuperscript{ème}  ligne: En comparant E3 + dox (+ CTCF) et E3-116 (- locus CTCF) + dox (+ CTCF), on remarque une nette diminution des interactions au niveau du locus CTCF (délété).
       \end{itemize}
     \end{column}
   \end{columns}
 \end{frame}
 
-% Inverted with box
 {\setbeamercolor{background canvas}{bg=bgturq}
 \begin{frame}[c]
   \metroset{block=fill}
   \vspace{1cm}
-  \begin{alertblock}{\centering \emoji{warning} Mise en avant \emoji{warning}}
+  \begin{alertblock}{\centering Conclusions }
     \begin{itemize}
-      \item Blabla.
-      \item Blabla.
-      \item[\textbf{$\Rightarrow$}] Blabla
+      \item Corrélation entre altération du \textit{CTCF} et translocation \textit{BCL11B}-\textit{TLX3} notamment celles épargnant un locus CTCF.
+      \item Au niveau du néo-chromosome formations d’interactions promoteur de \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ locus CTCF \& promoteur de \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ enhanceur de \textit{BCL11B}.
+      \item La présence de la protéine CTCF WT augmentent les interactions \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ locus CTCF de façon compétitive aux interactions promoteur de \textit{TLX3} $\leftrightarrow$ enhanceur de \textit{BCL11B}.
+      \item[{\large \ding{43}}] La perte du locus CTCF ou de l'expression de la protéine permet une plus forte expression de \textit{TLX3} par levée de l'inhibition compétitive exercée par le locus CTCF au dépend de l'enhanceur de \textit{BCL11B}.
     \end{itemize}
   \end{alertblock}
 \end{frame}
 }
 
-% Image annotation
-\begin{frame}{\emoji{horizontal-traffic-light} Image annotation}
-  \begin{itemize}
-    \item Image annotation
-  \end{itemize}
-  \begin{tikzpicture}
-    
-    \node[above right, inner sep=0] (image) at (0,0) {
-        \includegraphics[width=\textwidth]{Images/fdt_hm.png}
-    };
-
-    \begin{scope}[
-      x={($0.1*(image.south east)$)},
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-        \draw[lightgray,step=1] (image.south west) grid (image.north east);
-        \foreach \x in {0,1,...,10} { \node [below] at (\x,0) {\x}; }
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-        \node[circle,text=white,fill=bgturq,opacity=.8,text opacity=1] at (1, 5.5){\small \textit{TLX1}};
-        \node[circle,text=white,fill=bgturq,opacity=.8,text opacity=1] at (2.55, 2.8){\small \textit{TLX3}};
-    \end{scope}
-
-  \end{tikzpicture}
-\end{frame}
-
-% Standout
-\begin{frame}[standout]
-  Questions ?
-\end{frame}
-
-\begin{frame}
-  \frametitle{\emoji{floppy-disk} Code formatting}
-  Source code : \url{https://github.com/nygenome/lancet}
-  \vskip 0.2in
-  \lstinputlisting[language=bash, caption={lancet -- bash version}, style=mystyle]{Codes/lancet.txt}
-\end{frame}
-
-\begin{frame}
-  \layout
-\end{frame}
-
 % QR code
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 \begin{frame}[standout]