 Thomas
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b28a6f37b0
savana alt/depth from info, added n_alt_depth for info and above for vcf_variant
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hace 7 meses |
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Thomas
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cc0ef4fcbe
Bug deletion desc when coming from BNDdesc
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hace 7 meses |
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Thomas
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3604b225cf
BND to del
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hace 7 meses |
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Thomas
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e8b86f0d83
annot repeatmasker
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hace 7 meses |
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Thomas
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74c6f4da7b
bam alt/depth
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hace 7 meses |
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Thomas
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a4df568492
bedrow overlaps par
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hace 7 meses |
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Thomas
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17e88bd514
deletion desc n alt depth
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hace 7 meses |
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Thomas
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5a323d50bc
clearer parse bnddesc
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hace 7 meses |
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Thomas
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6054343630
group_variants_by_bnd_rc
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hace 7 meses |
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Thomas
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3eeb7b514b
group_variants_by_bnd_desc
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hace 7 meses |
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Thomas
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c69dcf818c
filter mapq
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hace 8 meses |
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Thomas
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1a306f5e24
BNDdesc with BNDGraph // Scan verify if bam exists // depth at
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hace 8 meses |
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Thomas
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ec89a0e159
Flowcells save gz
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hace 8 meses |
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Thomas
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7911999078
Flowcells / MinKnow csv
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hace 8 meses |
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Thomas
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cd352ede53
VCF write
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hace 8 meses |
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Thomas
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8448c00e0d
deletions_len
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hace 8 meses |
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Thomas
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fb515b9bd7
get_alteration_cats
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hace 8 meses |
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Thomas
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4c5672cc47
stats + callers() + bed compare
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hace 8 meses |
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Thomas
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23d0e0ea17
Trinucleotides and Early/Late annotations
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hace 8 meses |
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Thomas
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a5880b4b84
caller bug // callers shoud run info // remove_dir_if_exists
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hace 8 meses |
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Thomas
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0b6f1f3ffe
working scan no mem leaks because of pileup
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hace 8 meses |
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Thomas
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980c173f72
variants rates + ncbi versions
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hace 8 meses |
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Thomas
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9d84177b64
gz_writer + variants_stats + high depth ranges + BinCount depths + Bin depths
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hace 8 meses |
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Thomas
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1cb6ad7442
gff + scan
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hace 9 meses |
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Thomas
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23d4859f43
Savana CNSegment
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hace 9 meses |
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Thomas
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ccb72720b4
Savana CNSegment
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hace 9 meses |
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Thomas
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e09d58cbdb
variants final stats
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hace 9 meses |
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Thomas
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6d1afb30dd
Variant n_alt_depth(&self) -> (f64, f64)
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hace 9 meses |
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Thomas
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8ff2dc0b66
up alt cat
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hace 9 meses |
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Thomas
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088093d58f
VariantsStats
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hace 9 meses |
