This website works better with JavaScript
Startsida
Utforska
Hjälp
Registrera dig
Logga in
Thomas
/
pandora_lib_promethion
Bevaka
1
Stjärnmärk
0
Fork
0
Filer
Ärenden
0
Pull-förfrågningar
0
Wiki
Ingen beskrivning
52
Incheckningar
1
Branches
0
Släpp
Träd:
7e8f5a904b
Grenar
Taggar
master
pandora_lib_pro...
HTTPS
SSH
ZIP
TAR.GZ
Thomas
7e8f5a904b
up
1 år sedan
src
7e8f5a904b
up
1 år sedan
.gitignore
494efb6235
run
1 år sedan
Cargo.lock
14c829fadf
up dorado 0.9.0: added sequencing kit name for trim
1 år sedan
Cargo.toml
14c829fadf
up dorado 0.9.0: added sequencing kit name for trim
1 år sedan
README.md
e0894f5af7
bcftools keep only in a + modkit pileup
1 år sedan
README.md
Install
Dependencies
For building required HTSlib:
sudo apt install cmake libclang-dev
minimap2
(samtools)[
https://www.htslib.org/download/
]
(dorado)[
https://github.com/nanoporetech/dorado
]
(bcftools)[
https://www.htslib.org/download/
]
(modkit)[
https://github.com/nanoporetech/modkit
]
VEP: cf pandora_lib_variants for VEP install
nanomonsv (cf dependencies at github, TODO: use racon) ###