 Thomas
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cf7c41a98c
dorardo up and emit-moves
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hace 7 meses |
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Thomas
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db1f7422c6
no gvcf for deep callers
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hace 7 meses |
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Thomas
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258e2a5172
up deepvariant deepsomatic
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hace 7 meses |
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Thomas
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043ce2f1d4
up deepvariant deepsomatic
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hace 7 meses |
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Thomas
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c69dcf818c
filter mapq
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hace 8 meses |
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Thomas
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4c5672cc47
stats + callers() + bed compare
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hace 8 meses |
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Thomas
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23d0e0ea17
Trinucleotides and Early/Late annotations
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hace 8 meses |
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Thomas
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a5880b4b84
caller bug // callers shoud run info // remove_dir_if_exists
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hace 8 meses |
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Thomas
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03ec589273
macro and function for trait Should Run
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hace 8 meses |
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Thomas
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91cde944f4
rationalization adn documentation of callers functions
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hace 8 meses |
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Thomas
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0b6f1f3ffe
working scan no mem leaks because of pileup
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hace 8 meses |
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Thomas
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9d84177b64
gz_writer + variants_stats + high depth ranges + BinCount depths + Bin depths
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hace 8 meses |
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Thomas
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1cb6ad7442
gff + scan
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hace 9 meses |
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Thomas
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e09d58cbdb
variants final stats
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hace 9 meses |
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Thomas
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8ff2dc0b66
up alt cat
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hace 9 meses |
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Thomas
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c085500a20
error handling
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hace 10 meses |
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Thomas
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f83fe9a647
completing info and format
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hace 10 meses |
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Thomas
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ddc5410ec4
0 in vcf
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hace 10 meses |
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Thomas
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605ee768fb
json somatic stats
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hace 10 meses |
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Thomas
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7d4f9c06da
m
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hace 11 meses |
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Thomas
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a1b3c01b01
Integration to somatic pipe Severus Savana DeepSomatic / LongPhase up
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hace 11 meses |
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Thomas
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62bb510dba
cleared syntax
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hace 11 meses |
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Thomas
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add4a2ecc9
entropy filter // echtvar annotate
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hace 11 meses |
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Thomas
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80ba19f211
annotate_with_constit_bam (HighConstitAlt + LowConstitDepth) // counts_ins_at // alteration cat
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hace 11 meses |
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Thomas
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7e8f5a904b
up
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hace 1 año |
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Thomas
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b5468f9176
dorado: added kit-name in basecaller and usage of kit-name from pod files instead of config
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hace 1 año |
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Thomas
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14c829fadf
up dorado 0.9.0: added sequencing kit name for trim
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hace 1 año |
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Thomas
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ba66e761f7
VCF loader, new and better struct Variant, deepvariant loader
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hace 1 año |
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Thomas
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af8fd4c4d4
up
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hace 1 año |
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Thomas
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12f24b0405
callers: savana, severus; traits: Run (stderr and stdout log and print), Initialize (global config), Version, HasOutput
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hace 1 año |
