Sem descrição

Thomas 6cb25899fa dorado up to 0.8.1 changed demuxed names so new fn to find the bam file há 1 ano atrás
src 6cb25899fa dorado up to 0.8.1 changed demuxed names so new fn to find the bam file há 1 ano atrás
.gitignore 494efb6235 run há 1 ano atrás
Cargo.lock 63c5922d5d todo_variants_agg tested há 1 ano atrás
Cargo.toml f56aa5599c todo_variants_agg há 1 ano atrás
README.md 6cb25899fa dorado up to 0.8.1 changed demuxed names so new fn to find the bam file há 1 ano atrás
ok_cases.tsv 386de7c96a bam_ok há 1 ano atrás

README.md

For building required HTSlib:

sudo apt install cmake libclang-dev

  • minimap2
  • samtools
  • dorado
  • modkit

    cargo install --git https://github.com/nanoporetech/modkit.git
    

for variants:

  • VEP: cf pandora_lib_variants for VEP install