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Thomas
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pandora_lib_promethion
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Árbol: 6cb25899fa
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pandora_lib_pro...
ZIP TAR.GZ
Thomas 6cb25899fa dorado up to 0.8.1 changed demuxed names so new fn to find the bam file hace 1 año
src 6cb25899fa dorado up to 0.8.1 changed demuxed names so new fn to find the bam file hace 1 año
.gitignore 494efb6235 run hace 1 año
Cargo.lock 63c5922d5d todo_variants_agg tested hace 1 año
Cargo.toml f56aa5599c todo_variants_agg hace 1 año
README.md 6cb25899fa dorado up to 0.8.1 changed demuxed names so new fn to find the bam file hace 1 año
ok_cases.tsv 386de7c96a bam_ok hace 1 año

README.md

For building required HTSlib:

sudo apt install cmake libclang-dev
  • minimap2
  • samtools
  • dorado

  • modkit

    cargo install --git https://github.com/nanoporetech/modkit.git

for variants:

  • VEP: cf pandora_lib_variants for VEP install